Frits van Dongen rondde in 1980 zijn studie Bouwkunde aan de Technische Universiteit Delft af. Daarna werkte hij samen met Kas Oosterhuis aan een aantal spraakmakende experimentele ontwerpstudies en publicaties.

Voor zijn eerste opdracht, woongebouw Natal in Rotterdam, richtte hij in 1985 zijn eigen bureau op, Van Dongen Architekten in Delft. In 1988 richtte hij met Carel Weeber, Pi de Bruijn en Jan Dirk Peereboom Voller de Architekten Cie. op, waaraan hij sindsdien als partner verbonden is.

Complexen als De Landtong op de Kop van Zuid in het havengebied van Rotterdam en het iconische woongebouw The Whale in het havengebied van Amsterdam zijn exemplarisch voor zijn indrukwekkende woongebouw oeuvre. Verder omvat zijn werk onder meer het hoofdkantoor van Cap Gemini in Utrecht en mixed use ontwikkeling Spazio in Zoetermeer. Als stedenbouwkundige en supervisor was Frits van Dongen berokken bij de ontwikkeling van IJburg, een stadsuitbreiding in Amsterdam, stadsreparatie Hart van Zuid, Hengelo, en een stedelijke uitbreiding van Bolzano, Italië. De diversiteit en hoge kwaliteit van dit werk samen met zijn ontwerpen voor de Harmonie Leeuwarden, megabioscoop Pathé ArenA en Heineken Music Hall, Amsterdam en Philharmonie Haarlem leverden hem de oeuvreprijs, de BNA Kubus 2006 op.

Frits van Dongen was als gastprofessor verbonden aan de Universitat Internacional de Catalunya, Barcelona en geeft regelmatig lezingen aan architectuuropleidingen in binnen- en buitenland.